Informationen aus Regierungskreisen zufolge soll der Verein seit 1997 rund 6,6 Millionen Euro an Organisationen gespendet haben, die entweder direkt zur Hamas gehören oder diese unterstützen. Das Bundesverwaltungsgericht habe in seinem Urteil zum Verbot des Vereins "Al-Aqsa e.V." vom 3. Dezember 2004 festgestellt, dass es sich bei Hamas um eine Terrororganisation handle, hieß es.

Wie aus Regierungskreisen weiter verlautete, gibt es "enge Verbindungen" zur Islamischen Gemeinschaft Milli Görüs (IGMG), die vom Verfassungsschutz beobachtet wird. Es sei davon auszugehen, dass die IHH die Gelder vor allem in Moscheen von Milli Görüs gesammelt habe. Unter anderem habe Milli Görüs der IHH 3,35 Millionen Euro aus einer eigenen Kampagne zur Verfügung gestellt. Sowohl das Kuratorium als auch der Vorstand der IHH setzten sich zudem aus wichtigen Funktionären der IGMG zusammen. Folgen für Milli Görüs seien zunächst dennoch nicht zu erwarten, da es sich bei der Religionsgemeinschaft um eine Massenorganisation handle.

Keine direkte Verbindung gibt es hingegen zum Verein "IHH Türkei", dem das von Israel Ende Mai gewaltsam gestoppte Schiff "Marmara" gehört. Es gebe jedoch gemeinsame Wurzeln, hieß es.