Müller-Heuser war von 1999 bis 2001 Vorsitzender des Spitzenverbandes der Bundeskulturverbände. Er übernahm dieses Amt nach dem plötzlichen Tod von August Everding und führte den Deutschen Kulturrat erfolgreich von Bonn nach Berlin.

Der Geschäftsführer des Deutschen Kulturrates, Olaf Zimmermann, sagte: "Franz Müller-Heuser war nicht nur ein erfahrener Kulturpolitiker. Er war darüber hinaus ein Vorsitzender, der sich durch menschliche Wärme und Verlässlichkeit auszeichnete. Sein Humor und sein Sinn für Kunst und Kultur zeichneten ihn aus. Kulturpolitik war für ihn stets mehr als Gestaltung von rechtlichen Rahmenbedingungen."