Seitdem immer mehr Menschen aus Kriegen und Armut nach Europa fliehen, fällt der Begriff der Transitzone immer häufiger auch in Verbindung mit der Handhabung ebendieser Flüchtlingskrise. So müssen Flüchtlinge in den Transitzonen an Flughäfen bereits seit längerem noch bevor sie die Einreisekontrolle passieren, einen Asylantrag stellen. Noch bevor sie formell in das jeweilige Land einreisen, können sie gegebenenfalls abgeschoben werden. Der Flughafen gilt somit quasi als Außengrenze der EU für all diejenigen, die aus einem Drittstaat einreisen. In Flüchtlingsunterkünften innerhalb der Transitzonen warten die Asylbewerber dann auf die Entscheidung darüber, ob sie einreisen dürfen oder nicht.
Nach ebensolchem Vorbild forderte in Deutschland vor allem die CSU rund um Bayerns Ministerpräsidenten Horst Seehofer die Einrichtung von Transitzonen an deutschen Außengrenzen. Hinsichtlich Bayerns beträfe dies in erster Linie die Grenze zu Österreich, von wo aus täglich viele Flüchtlinge, beispielsweise aus dem Transitland Ungarn kommend, nach Deutschland weiterziehen. Die Errichtung solcher Zonen an deutschen Grenzen war sehr umstritten, mal fiel der Begriff "Reisezentren", andere warnten vor "Haftzonen". Dabei stellen sich vor allem Fragen rund um die menschliche Behandlung der Flüchtlinge, aber auch bezüglich geltenden EU-Rechts. Laut EU-Kommission dürfen nämlich nur vorübergehend Transitzonen mit Absperrungen an Binnengrenzen der EU errichtet werden.
Zuletzt einigte sich die Koalition rund um CDU/CSU und SPD auf die Einrichtung von sogenannten Registrierzentren an deutschen Außengrenzen. Dort soll dann für Asylbewerber eine Residenzpflicht gelten, womit gemeint ist, dass sie den jeweiligen Landkreis während des Verfahrens nicht verlassen dürfen. Innerhalb von höchstens drei Wochen soll in diesen neuen Zentren über erlaubte Einreise oder Abschiebung entschieden werden.