Im Hintergrund lief unterdessen ein seit dem 11. September 2001 ("9/11") oft geübter Einsatz ab: Die schnell mobilgemachte Nationalgarde rückte mit 1000 Reservisten in Boston ein, der Luftraum wurde gesperrt und das Handynetz abgeschaltet, um eventuelle weitere Bombenfernzündungen zu verhindern. Auch an den Flughäfen und in den U-Bahnen des Landes sowie rund um das Weiße Haus in Washington wurden die Sicherheitsvorkehrungen verschärft.

Dahinter steht das wegen 9/11 von Obamas Vorgänger George W. Bush gegründete Ministerium für Innere Sicherheit, auch Heimatschutz-Ministerium genannt. Es feiert gerade sein zehnjähriges Bestehen. Die Riesenbehörde zum Schutz der USA vor Terrorismus hat fast 200 000 Mitarbeiter und koordiniert die Zivilverteidigung von 22 Regierungsstellen, darunter Küstenwache, Zoll, Teile der Armee und Sicherheitsdienste an Flughäfen. Der Jahresetat des Ministeriums umfasst rund 45 Milliarden Euro.

Den Ursprungsplänen, auch das FBI und die CIA dem neuen Ministerium zu unterstellen, widersetzten sich die Bundespolizei und der Auslandsgeheimdienst erfolgreich. Das FBI (36 000 Mitarbeiter) führt die Ermittlungen in Boston und ermittelt mehrgleisig: Es schließt zwar Al Qaida nicht als verdächtig aus; die einfach gebauten Sprengsätze mit in den USA leicht erhältlichen Materialien wie Schießpulver, Nägeln und Kugellagern ließen jedoch eher auf einheimische Extremisten schließen. Die Fahnder haben mit der Auswertung der vielen Fotos und Videofilme begonnen, die anlässlich des Marathons entstanden sind.

Seit J. Edgar Hoover, der das FBI von 1924 bis 1972 leitete und dem der Satz nachgesagt wird: "Mir ist egal, wer unter mir Präsident ist", ist das Verhältnis der jeweiligen US-Regierungen zur Bundespolizei stark angespannt bis hasserfüllt. Es ist unklar, ob sich das zwischen Obama und dem jetzigen Direktor Robert Mueller gebessert hat, was offiziell behauptet wird. Vom schnellen Fahndungserfolg des FBI ist der amerikanische Präsident jedenfalls jetzt abhängig.