Er hat besonders in den Jahren 1748/49 daran gearbeitet und schließlich alle Teile der Partitur in einem Band binden lassen. Das legt die Annahme nahe, dass Bach hier ein Vermächtniswerk geschaffen hat. Das Werk hat in späteren Jahren viele Forschungen ausgelöst und lädt seit seiner Entstehung immer wieder ein zur Vertiefung.

Carl Philipp Emanuel nahm sich bald nach dem Tode des Vaters der Partitur an, ergänzte Artikulationszeichen oder verbesserte Unleserliches. Die ersten Abschriften entstanden schon 1765 und 1786 führte Carl Philipp Emanuel Bach in Hamburg das Credo auf, an dem sein Vater zuletzt gearbeitet hatte. Spätere Aufführungen von Teilen der Messe sind ab 1827 von Berlin bis New York belegt.