Die Erben Franz Haniels gründeten 1917 die Firma Franz Haniel & Cie. GmbH. Mit Johann Wilhelm Welker erhielt sie einen familienfremden Generaldirektor, der diese Position bis 1944 innehatte. Seit der Ernennung Welkers gilt für die Familie Haniel das Gesetz, dass Familienangehörige im Unternehmen keine Posten erhalten. Damit hat die Familie eine strikte Trennung zwischen Kapital und Management vollzogen.

Die Entscheidung für Welker fiel in turbulenten Zeiten; die deutschen Industrieunternehmen gerieten gegen Ende des Ersten Weltkrieges in schwieriges Fahrwasser. Infolge des Versailler Friedensvertrages musste auch die Haniel-Reederei den größten Teil ihres Schiffsraumes an die Entente-Mächte abgeben. Und die nächsten Jahre waren gekennzeichnet von der Ruhrbesetzung und Hyperinflation. Dennoch vermochte es Welker, in seiner Amtszeit das Unternehmen neu zu formen sowie die Transport- und Handelsinteressen zu bündeln. Er vergrößerte den Kohlenhandel, erweiterte die Reederei um den Rhein-See-Verkehr und begann mit Eisen-, Düngemittel- und Grubenholzhhandel. Er leistete einen wesentlichen Beitrag zum Wiederaufbau der deutschen Binnenschifffahrt nach dem Ersten Weltkrieg, indem er sich für die Wiederaufnahme des Rheinverkehrs einsetzte. Dabei bediente man sich der neuesten technischen Errungenschaften und stellte erstmals am Rhein ein deutsches Schleppschiff mit Dieselmotor vor, die „Franz Haniel XXVIII", gebaut 1922 auf der Werft der Gutehoffnungshütte in Walsum. „Vor 90 Jahren, kurz vor der Weltwirtschaftskrise stand Haniel an der Spitze des Kohlenhandels und der Rheinschifffahrt“, so Ulrich Kirchner, Leiter des Haniel-Archivs.

Welker hatte zahlreiche Posten inne. So wurde er unter anderem 1924 Vorsitzender des Vereins zur Wahrung der Rheinschifffahrtsinteressen und der Schifferbörse in Duisburg-Ruhrort. Später leitete er die Reichsverkehrsgruppe Binnenschifffahrt (1934–1945) und war von 1929 bis 1944 Präsident der Niederrheinischen Industrie- und Handelskammer Duisburg-Wesel – als einziger Handelskammervorsitzende im nationalsozialistischen Deutschland, der nicht NSDAP-Mitglied war. Im Gegensatz zu anderen Unternehmensführern hielt er Distanz zu den politischen Machthabern, und er konnte das Unternehmen weitgehend vom Einfluss der Nationalsozialisten freihalten.

Im Alter von 74 Jahren zog sich Welker 1944 aus der Haniel-Geschäftsführung zurück. Als Gründe nannte er die „heutigen kritischen Zeiten, die Schwierigkeiten des Reisens und all die sonstigen Umstände". Im Oktober brach nach schweren Luftangriffen das öffentliche und geschäftliche Leben in Duisburg fast vollständig zusammen. Die Rheinschifffahrt stand still. Den Wiederaufbau der Firma Haniel begleitete Welker in seiner Aufsichtsratsfunktion, die er noch bis 1957 ausübte.

1962 verstarb Welker im hohen Alter von 92 Jahren. Gemeinsam mit seiner Frau vermachte er der Stadt Duisburg eine Gemäldesammlung, die im Lehmbruck-Museum aufbewahrt wird. Im Jahre 1970 wurde das Altenheim der Welker-Stiftung in Duisburg eröffnet. Johann Wilhelm Welker ist für seine Verdienste vielfach geehrt worden, unter anderem mit dem Ehrendoktortitel der Universität Köln (1927), goldenen Siegelring der Stadt Duisburg (1940) und dem Großen Bundesverdienstkreuz (1952). Zudem ist er Namensträger für das Haniel-Schulschiff, das jahrzehntelang in Duisburg-Homberg „vor Anker“ lag. Für viele ältere Binnenschiffer ein Ort nostalgischer Erinnerungen.