1956 trat Merkel als jüngster von drei Priester-Brüdern dem Missionskonvikt Sankt Rochus in Buchen bei. Einige Jahre nach seinem Abitur zog es ihn nach Knechtsteden, dort studierte er eine Zeitlang Philosophie. Lange hielt es ihn jedoch nicht in Deutschland. „Mich interessierte ein Einsatz als Missionar in Brasilien. Damals wurde die Evangelisierung nicht nur als Glaubensvermittlung, sondern auch als Entwicklungsarbeit verstanden“, erklärt Merkel. Er ging gleich nach seiner Priesterweihe im Jahr 1971 nach Brasilien, wo er unterschiedliche seelsorglichen Dienste in verschiedenen Regionen ausübte. „Ich half in der regulären Pfarrarbeit mit. Diese beinhaltete: Katechese, Religionsunterricht, Sakramenten-Spendung, vor Ort und im weiten Landesinnern, von vielen Flüssen durchzogener Urwald. Darüber hinaus arbeitete ich auch in unserer kleinen Viehzucht“, führt der Priester aus. 1977 wurde Merkel vom Distriktoberen Pater Wilfried Urbanek nach Salete versetzt, wo er die Leitung eines Internats der Spiritaner  übernahm.  Sechs Jahre lange bliebt er dort, bis man ihn zurück nach Deutschland rief.